La cour nationale du droit d’asile des réfugiés était, d'un point de vue budgétaire et administratif, dépendante de l'Office français de protection des réfugiés et apatrides. Ses rapporteurs appartenaient ainsi au même corps de fonctionnaires que les officiers de l'Office. Par ailleurs, le directeur général de l'Office mettait à la disposition de la cour les moyens nécessaires à son fonctionnement, même si l'affectation du personnel était in fine décidée par le président de la cour. Un rapport de mission établi en octobre 2006 par M. Anicet Le Pors a privilégié le rattachement de la cour au Conseil d'État pour « affirmer la nécessité d'une juridiction administrative spécialisée sur l'asile, tout en assurant son indépendance vis-à-vis de l'administration dont elle contrôle les décisions ». Cette dernière option ayant été retenue, le décret nº 2008-1481 du 30 décembre 2008 prévoit désormais le principe de la nomination du secrétaire général par le vice-président du Conseil d’État et l’indépendance de la Cour vis-à-vis de l’Office français de protection des réfugiés et apatrides sur un chapitre financier et matériel (C. étrangers, art. R. 732-1 suiv.).